Mendel realizaba siempre el mismo esquema de cruzamientos: cruzaba dos variedades o líneas puras que diferían en uno o varios caracteres, obtenía la 1ª generación filial (F1), seguidamente autofecundaba (Ä) los híbridos de la 1ª generación filial (F1) y obtenía la 2ª generación filial (F2) y, por último, autofecundaba (Ä) las plantas de la 2ª generación filial (F2) y conseguía la 3ª generación filial (F3). El cruzamiento inicial lo llevaba a cabo en las dos direcciones posibles, es decir, en un caso utilizaba como donador de polen al ♂P2 y en otro al ♂P1, realizó cruzamientos recíprocos: ♀P1 x ♂P2 y ♀P2 x ♂P1.
♀P1 x ♂P2 → F1 Ä→ F2 Ä→ F3
♀P2 x ♂P1 → F1 Ä→ F2 Ä→ F3
P1 = Parental 1; P2 = Parental 2
F1 = 1ª generación filial; F2 = 2ª generación filial y F3 = 3ª generación filial.
Además, llevó a cabo Retrocruzamientos, es decir, cruzamientos de los híbridos de la 1ª generación filial (F1) por los dos parentales utilizados, en las dos direcciones posibles:
- ♀F1 x ♂P2 y ♀P2 x ♂F1 (cruzamientos recíprocos)
- ♀F1 x ♂P1 y ♀P1 x ♂F1 (cruzamientos recíprocos)
- Utilizar en sus experimentos una especia autógama, ya que de esta manera se aseguraba de que las variedades que manejaba eran Líneas puras, constituidas por individuos idénticos y homocigóticos.
- Elegir caracteres cualitativos fácilmente discernibles en sus alternativas. Por ejemplo, flores color blanco o púrpura.
- Iniciar los experimentos fijándose cada vez en un sólo carácter. De está manera obtenía proporciones numéricas fáciles de identificar.
- Utilizar relaciones estadísticas en varias generaciones sucesivas. Contar el número de individuos de cada tipo en las sucesivas generaciones y proponer proporciones sencillas.
- Llevar a cabo experimentos control y cruzamientos adicionales (retrocruzamientos) para comprobar sus hipótesis.
- Analizar caracteres independientes para demostrar su principio de la combinación independiente.
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